Ministerstvo zdravotnictví podle zjištění Nejvyššího kontrolního úřadu v letech před propuknutím epidemie koronaviru dostatečně nekontrolovalo výdaje zdravotních ústavů, které poskytují například laboratorní vyšetření nebo očkování. Nákupy ústavů přitom v letech 2017 až 2019 přesáhly 1,3 miliardy korun a byly v nich vážné nedostatky. Ústavy u 70 procent kontrolovaných nákupů nepostupovaly podle zákona o zadávání veřejných zakázek, NKÚ proto podal oznámení finančním úřadům. Ministerstvo podle NKÚ, který závěry kontroly zveřejnil v pondělí, nepředcházelo ztrátám těchto ústavů. 

Výdaje zdravotních ústavů na nákupy v letech 2017 až 2019 přesáhly 1,3 miliardy korun, z toho 85 procent byly nákupy malého rozsahu mimo zadávací řízení podle zákona. Ve zdravotních ústavech však v těchto letech byl pouze jeden interní audit zaměřený na veřejné nakupování, zdůraznil NKÚ. Úřad prověřil vybrané nákupy za 239 milionů korun, z toho u nákupů za více než 168 milionů korun ústavy nepostupovaly podle zákona o zadávání veřejných zakázek. NKÚ proto podal oznámení příslušným finančním úřadům.

Jeden z ústavů například nakupoval pravidelně stejné zboží jako diagnostiku, kultivační média či chemikálie za více než 122,5 milionu korun jen na základě objednávek. Nevypsal veřejnou zakázku v zadávacím řízení podle zákona. U nákupů u zakázek malého rozsahu za více než 31 milionů korun ústavy nepostupovaly transparentně nebo diskriminovaly svým postupem další dodavatele.

Zdravotní ústavy neměly podle zjištění NKÚ spolehlivý vnitřní kontrolní systém, který by výrazným nedostatkům předešel a vytvořil podmínky pro hospodárné a efektivní veřejné nákupy. NKÚ zjistil nedostatky ve všech fázích nákupů. Na nápravě začaly ústavy pracovat až během kontroly NKÚ.

Zdravotní ústavy jsou příspěvkovými organizacemi ministerstva zdravotnictví a poskytují například laboratorní služby ve zdravotní péči i ochraně životního prostředí nebo očkování. Ústavy v roce 2012 prošly reorganizací. Existují tak dva zdravotní ústavy se sídlem v Ústí nad Labem a v Ostravě, které poskytují své služby na pracovištích i v dalších krajích. Ministerstvo od roku 2012 provedlo jen jednu veřejnosprávní kontrolu v Ostravě. Objevilo řadu vážných nedostatků při vynakládání prostředků, ale už nezjišťovalo, jestli byly napraveny. V Ústí nad Labem zahájilo kontrolu v roce 2020.

Ve třech kontrolovaných letech zdravotní ústavy hospodařily se ztrátou. Jednou z příčin byl systém úhrad za laboratorní služby, které jsou hrazeny z veřejného zdravotního pojištění. Tento systém je nastaven tak, že nepočítá platbu za jednotlivé výkony, ale za jednotlivé unikátní pojištěnce. Úhrady proto neodpovídaly skutečnému objemu uznaných výkonů, které ústavy prováděly. V letech 2016 až 2018 se kvůli tomu propadly roční výnosy ústavů v průměru o více než 20 milionů korun. Úhrady od pojišťoven přitom tvoří nejvýznamnější část výnosů, upozornil NKÚ. Ministerstvo zdravotnictví však podle NKÚ nenavrhlo žádné změny v systému úhrad, které by alespoň snížily tyto každoroční rozdíly v úhradách.

Na hospodářský výsledek zdravotních ústavů mělo vliv i to, že se zvyšovaly platové tarify státních zaměstnanců, a rostly tak mzdové náklady. Ty tvořily více než polovinu celkových nákladů zdravotních ústavů. Navyšování platových tarifů se nepromítlo ani v příspěvku na provoz, jehož výši určoval resort, ani v úhradách od zdravotních pojišťoven, jejichž systém se neměnil. Naopak MZd vyžadovalo od zdravotních ústavů, aby sestavovaly vyrovnaný rozpočet, a to bez navýšení příspěvku na provoz.